在被侵略者イルミダス占領的地球中，哈羅克（S-00999）、大山トチロー（S-00998）與エメラルダス（X-00001）駕駛阿爾卡迪亞號逃離后，以代號SSX遭全宇宙通緝。在持續遭到イルミダス軍追擊的過程中，他們與異星人ラ?ミーメ等同伴共同尋找傳說中的理想鄉「アルカディア」。旅途中，地球少年物野正、少女レビ與有紀螢及船醫ドクター蠻陸續加入艦組。與此同時，イルミダス軍為建造超越阿爾卡迪亞號的戰艦，命令天才科學家Mr.ゾーン解析該船技術。隨著調查深入，Mr.ゾーン親自駕駛新型戰艦前往宇宙深處，并逐漸接近阿爾卡迪亞的真實存在。這場跨越星系的追尋與對抗，最終指向人類存亡的關鍵抉擇——是否打破既定命運循環，在宇宙中開辟新的生存之道。