吾妻玲二（入野自由配音）本是一介普通的少年，一次偶然中被卷入黑社會暗殺事件，作為目擊證人被列入"消抹名單"。組織內部的洗腦專家塞斯（千葉一伸配音）發現玲二體內隱藏的強大潛能，消除其記憶后將其改造成代號Zwei的殺人機器。負責訓練玲二的少女Ein（高垣彩陽配音）同樣失去過往記憶，表面冷靜的她始終掙扎于"人性與機械化"的矛盾中。隨著相處加深，玲二逐漸喚醒Ein被壓抑的人性意識，在意識到自身作為兵器的危險處境后，兩人決意逃離組織掌控。組織派出追兵持續圍剿，玲二在逃亡過程中逐步恢復記憶并擺脫洗腦控制。最終這對少年少女憑借覺醒的戰斗能力與真摯情感，成功瓦解了持續操控他們的秘密組織。在摧毀實驗基地的決戰中，玲二體內的雙重人格達成和解，與Ein共同獲得真正自由。