《書店的骸骨店員本田君》講述了在某大型連鎖書店漫畫區工作的特殊存在——擁有骷髏外表卻充滿熱血的店員本田，與形形色色漫畫愛好者們發生的日常故事。面對堆積如山的工作任務、日漸稀少的絕版漫畫以及執著于二次元世界的顧客們，本田以獨特方式維護著這片承載漫畫文化的空間。在嚴厲上司佐伯的監督下，他與個性鮮明的同事們共同解決漫畫區的各種危機：從阻止絕版書被下架到調解讀者間的趣味紛爭，既要應對實體書店的經營困境，又要守護漫畫迷們的精神樂園。作品通過夸張喜劇手法展現書業幕后實態，在荒誕笑料中傳遞著對漫畫文化的深厚情感，最終以團隊協作的方式化解核心矛盾。