職于新宿區(qū)政府的宮古新意外被調(diào)遣至鮮為人知的"夜間地區(qū)交流科"，該部門專門處理妖怪引發(fā)的超自然事件。在人類常識(shí)無(wú)法解釋的深夜職場(chǎng)中，他與嚴(yán)厲務(wù)實(shí)的課長(zhǎng)榊京一、癡迷超自然現(xiàn)象的后輩姬冢圣央組成三人行動(dòng)小組，直面都市傳說(shuō)中的妖怪、幽靈與異界生物。隨著調(diào)查"銀蛇事件""貍貓騷動(dòng)"等案件，宮古逐漸發(fā)現(xiàn)新宿區(qū)地下存在維系人妖平衡的古老契約，而科室檔案室封存著涉及全國(guó)超自然勢(shì)力的歷史卷宗。這個(gè)被各行政區(qū)刻意遺忘的特殊部門，持續(xù)在東京23區(qū)交界地帶執(zhí)行著維系現(xiàn)世與異界秩序的隱秘任務(wù)。