在被各國分割統治的中世紀日本神州上空，由八艘船組成的學園都市艦"武藏"航行于未來世界。各國依據記載人類命運的"圣譜"重現歷史，卻因執行偏差引發"重奏統合爭亂"。學園國家間的學生們懷揣不同信念展開激烈抗爭，既要解決各國領土與歷史糾葛的核心矛盾，又需通過完成圣譜劇情獲取生存許可。隨著各勢力在政治博弈與戰斗中的沖突升級，隱藏在圣譜執行背后的真相逐漸浮現——唯有突破既定歷史框架的束縛，才能開拓真正的人類未來。學生們在守護與顛覆圣譜的抉擇中，將決定世界是否延續既定歷史軌跡或迎來全新可能。