中島敦與芥川龍之介成功擊退國際犯罪組織"組合（Guild）"首領弗朗西斯·F后，武裝偵探社與港口黑手黨的休戰協議維持著橫濱的脆弱和平。然而新宿戰場殘留的異能輻射持續影響城市生態，死屋之鼠趁機滲透港口都市。太宰治察覺到"魔人"覺醒引發的異能暴走現象日益嚴重，這種威脅正與費奧多爾·D策劃的"黑手黨改造計劃"產生共振。前蘇聯特工首領通過操控異能者暴動，試圖同時瓦解兩大組織的權力根基。偵探社派出泉鏡治追蹤異能失控事件時，發現港口黑手黨新任干部正在秘密回收Guild遺留的生化武器"斯拉變種"。當橫濱港灣連續出現被改造的異能暴走者襲擊事件，敦與芥川不得不暫停休戰協議，在太宰的引導下直面這場由費奧多爾精心策劃的"新都市戰爭"。