故事舞臺位于21世紀中期的東京,因氣候暖化導致城市被熱帶密林吞噬,人類在希臘巨神阿特拉斯命名的空中高塔建立新家園。貧困者被迫留在地面,在密林與極端環境中共存,少女北條國子剛從少年教養院釋放,便被迫面對生存危機。為探尋傳說中的理想鄉"香格里拉",她與個性迥異的同伴組成反抗組織"化外者",在充斥熱帶病毒、變異生物與政府監控的殘酷環境中展開以生命為賭注的戰斗。眾人逐漸發現"阿特拉斯"系統通過腦內植入裝置操控民眾的真相,最終揭露整個空中都市實為虛擬現實實驗場的驚悚事實。在生存與自由意志的抉擇中,他們必須突破政府設置的認知牢籠,重啟真實世界的人類文明。