《亞人》第二季于2016年10月播出，承接第一季結尾永井圭被亞人組織追殺的危機展開。本季聚焦圭逐漸適應半亞人體質并覺醒力量的過程，他與同伴海斗、佐藤的羈絆因理念分歧而產生裂痕。隨著亞人組織"局"的真實目的浮出水面，圭意外發現自身能力與二十年前非洲亞人起源事件存在關聯。在東京都廳展開的最終決戰中，圭為阻止佐藤引發的亞人危機被迫與人類部隊合作，其體內蘊含的未知力量最終以超維存在形態具現化。劇情通過圭在人類與亞人身份間的掙扎，探討了生存意義與自我認同的主題。