經(jīng)過(guò)休整并治愈眼傷的瀨文焚流（加瀨亮飾）隨當(dāng)麻紗綾（戶田惠梨香飾）重返警視廳未詳事件組，卻發(fā)現(xiàn)公安部公安五課的市柳（でんでん飾）和吉川（北村一輝飾）已架空實(shí)權(quán)。與此同時(shí)，民間算命師覺(jué)遭神秘黑衣男子射殺，其保鏢及數(shù)名市民連帶遇害。唯一目擊黑衣人真容的幸存者久遠(yuǎn)望（谷村美月飾）因父母雙亡成為追殺目標(biāo)，未詳團(tuán)隊(duì)被迫與民間SPEC持有者合作展開(kāi)營(yíng)救。調(diào)查中發(fā)現(xiàn)黑衣人隸屬秘密組織"彌賽亞計(jì)劃"，該組織通過(guò)非法實(shí)驗(yàn)培育能力者意圖操控社會(huì)。當(dāng)麻隱藏的SPEC能力在追查過(guò)程中意外覺(jué)醒，其特殊性成為破解陰謀的關(guān)鍵。隨著真相揭露，團(tuán)隊(duì)必須阻止對(duì)方啟動(dòng)全國(guó)范圍的SPEC能力者殲滅計(jì)劃，在最終決戰(zhàn)中守護(hù)普通民眾與異能者的共存未來(lái)。