某日，一群使用風遁之術的空忍空襲火之國，無數民眾和忍者遇害，形勢危急。據綱手大人所言，這群不速之客正是在第二次忍者大戰中落敗的空之團，如今他們懷著復仇之心再次出現。卡卡西（井上和彥配音）等人則負責偵查空之團的老巢，鳴人（竹內順子配音）、小櫻（中村千繪配音）、雛田（水樹奈奈配音）受命組成三人醫療小隊，協助名醫神農（石冢運昇配音）前往其徒弟雨琉的家鄉醫治傷者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神農的再生之術業已完成，他命佐助（杉山紀彰配音）前去尋找神農。這也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢。 調查發現，空之團首領神農實為被神秘女子紅蓮操控的傀儡，其再生能力與魔幻鏡封印之術成為威脅忍界的關鍵。鳴人團隊在救援過程中識破神農真面目，與受紅蓮咒印控制的雨琉展開激戰。佐助為奪取再生之術與神農交手，最終因大蛇丸勢力介入未能達成目標。決戰時鳴人以九尾之力擊破紅蓮的晶遁結界，揭露空之團利用神農再生術制造不死軍團的陰謀。佐助與鳴人短暫交鋒后分道揚鑣，雙方雖立場對立卻未徹底決裂。