第二季的故事發生在第一季結束八年后，軍情六處的特工喬納森·派恩（湯姆·希德勒斯頓飾）以為自己徹底埋葬了過去，如今化名為亞歷克斯·古德溫，在倫敦負責主導一個秘密監視小組，生活平靜安逸。某晚他偶然瞥見一位曾受雇于理查德的傭兵，這一發現促使他再度行動，與哥倫比亞軍火商泰迪·多斯·桑托斯（迭戈·卡爾瓦飾）爆發沖突。為追查線索，派恩與女商人羅克薩娜·博拉諾斯（卡米拉·莫羅飾）建立合作關系，后者勉為其難協助其潛入泰迪在哥倫比亞的軍火網絡。抵達當地后，派恩陷入涉及武器交易與游擊隊訓練的致命陰謀，并逐漸察覺一場旨在顛覆國家穩定的更大危機。隨著敵我界限日益模糊，派恩不得不在信任缺失的環境中周旋多方勢力，直面潛伏多年的背叛者，在時限內權衡該以何種代價完成使命。