上世紀初，猖獗的香港海盜屢屢劫持商船，考慮到各國商家的投資信心會因此減少，繼爾香港國際貿易中心的地位可能會不保，當局改編水師，成立了一支特警小隊負責海上治安。隊長馬如龍（成龍飾）執行公務時遭人陷害，憤而辭職。海盜頭目羅三炮（狄威飾）抓走官兵家眷做人質，當局決定利用內線周永齡從中調停。因為早知周永齡與海盜勾結，馬如龍自告奮勇拯救人質，他重組水師，制定了A計劃，期望通過與上司洪天賜（元彪飾）及好兄弟卓一飛（洪金寶飾）作里應外合，將海盜一網打盡。行動中馬如龍等人偽裝成海盜內訌混入賊窩，與羅三炮展開智勇較量。最終眾人借鐘樓決戰擊潰海盜主力，成功解救全部人質并殲滅海盜團伙。