在《黑客帝國2：重裝上陣》中，尼奧（基努·里維斯飾）在錫安基地被奉為救世主，與崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯飾）和墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩飾）受到人類幸存者的擁戴。此時(shí)母體啟動(dòng)毀滅計(jì)劃，派出兩萬五千臺(tái)電子烏賊進(jìn)攻錫安地下城。三人組重返虛擬世界尋找"制鑰者"以突破矩陣核心系統(tǒng)，卻發(fā)現(xiàn)特工史密斯（雨果·維文飾）已變異為脫離母體控制的病毒程序，通過無限復(fù)制能力持續(xù)阻撓行動(dòng)。尼奧在先知處得知必須擊敗史密斯才能阻止烏賊進(jìn)攻，而獲得制鑰者開啟源頭權(quán)限后，三人遭遇銀衣人（赫爾穆特·巴凱蒂斯飾）率領(lǐng)的系統(tǒng)守衛(wèi)。最終尼奧在真實(shí)世界與烏賊群展開殊死搏斗，而史密斯病毒已滲透錫安防御系統(tǒng)。當(dāng)尼奧與史密斯在虛擬空間展開終極對決時(shí)，墨菲斯等人發(fā)現(xiàn)錫安防線已被突破，母體重啟程序已啟動(dòng)新一輪循環(huán)。