經過上一集的腥風血雨之后，伯恩（馬特·達蒙飾）和女朋友瑪麗（弗蘭卡·波滕特飾）隱居在印度偏僻的海邊小鎮，試圖遠離過往。神秘組織殺手突襲小鎮，瑪麗在逃亡途中遭槍殺，迫使伯恩重拾特工本能。調查中他發現中情局正重新追捕自己，并被誣陷破壞情報交易、殺害同僚。為洗清罪名并復仇，伯恩鎖定目標——冒充自己的另一名特工。追蹤線索揭露了中情局代號“絆腳石計劃”的秘密行動，該計劃通過精神操控培養絕對服從的刺客。伯恩與冒充者基里爾·杰克遜展開生死對決，最終在莫斯科將其擊斃，并獲取關鍵證據揭露中情局高層陰謀。盡管部分洗清污名，但真相僅解開了計劃冰山一角，伯恩繼續踏上尋找自我身份與幕后黑手的逃亡之路。