第三季故事開始于第二獨立團抵達查爾斯頓七個月后，查爾斯頓被確立為「新美利堅合眾國」首都。TomMason作為政治領袖（相當于總統）更多參與前線軍事指揮而非政務，其對外星侵略者采取比前任Manchester博士更具侵略性的主動策略。人類政府與起義外星種族「突擊者」形成脆弱同盟，Tom允許后者留在查爾斯頓共同對抗Espheni外星族（即「魚頭」），但引發部分人類質疑，雙方矛盾持續發酵。突擊者戰士在戰斗時以紅黃條紋涂滿面部，以此紀念第二季結尾犧牲的領袖「紅眼」。Tom之子Ben擔任人類與突擊者間的聯絡官，其身份背景引發雙方陣營信任危機。盡管組成臨時聯盟，人類與突擊者仍面臨實力懸殊的困境：Espheni族新繼位君王比前任更具威脅性，且地球戰場在雙方激戰時迎來第三個外星種族的介入，局勢進一步復雜化。