攝影師工藤太郎在搭乘飛機途中目睹一枚太空艙墜入大海，經確認竟是四個月前離奇失蹤的無人木星探測器赫利俄斯7號。返國后工藤受托陪同開發公司調查隊前往塞吉歐島執行考察任務，而該島嶼正位于赫利俄斯7號墜落海域附近。調查隊抵達后不久，塞吉歐島突然出現巨型怪獸杰索拉，其異常活動與探測器墜毀事件產生直接關聯。隨著調查深入，科研人員發現赫利俄斯7號搭載的未知物質因墜毀引發生態異變，導致海底怪獸群蘇醒。工藤與調查隊在追蹤怪獸蹤跡過程中，目睹杰索拉與其他變異生物加尼美、卡美巴展開激烈領地爭奪戰。最終人類通過聲波干擾裝置引導怪獸群退回深海，暫時解除危機，但探測器攜帶的外星物質仍潛伏海底形成未知隱患。