在第二次新吉恩戰(zhàn)爭（夏亞的叛亂）終結(jié)后，地球圈迎來短暫和平。UC0096年，在工業(yè)殖民地"工業(yè)7號"展開比斯特財團與新吉恩殘黨軍"袖付"的秘密交涉：前者擬將地球聯(lián)邦政府的最高機密"拉普拉斯之箱"移交后者。安納海姆工業(yè)專門學校學生巴納吉·林克斯偶遇自稱奧黛麗·本的少女（實為舊吉恩公國次男多茲魯之女美耐巴·扎比），得知"拉普拉斯之箱"的公開將引發(fā)新戰(zhàn)爭。少年多次協(xié)助奧黛麗阻止交易，期間兩人漸生情愫。地球聯(lián)邦軍察覺交涉后介入引發(fā)激烈沖突，工業(yè)殖民地陷入戰(zhàn)火。巴納吉與同伴避難途中遭遇比斯特財團當家卡迪阿斯·比斯特，后者瀕死時揭露其生父為聯(lián)邦高官，并將開啟拉普拉斯之箱的鑰匙——搭載NT-D系統(tǒng)的機動戰(zhàn)士高達獨角獸托付給巴納吉。該系統(tǒng)與新人類精神感應框架的同步能力，使巴納吉成為各方爭奪焦點。圍繞記載0090年聯(lián)邦與吉恩議和秘密文書的拉普拉斯之箱，聯(lián)邦軍、袖付及獨立勢力展開最終對決，地球與宇宙的統(tǒng)治秩序因機密文件公開而發(fā)生根本性動搖。