二十世紀最后的夏天，巨型生物「怪獸」與終極存在「哥斯拉」的出現顛覆了人類對地球統治的認知。經歷半個世紀戰爭后，人類于2048年乘坐移民飛船「阿拉特拉姆」號逃離地球，目標11.9光年外的「鯨魚座τ星e」。然而抵達后發現新星球環境遠超預期的不適宜，飛船內青年晴雄自幼目睹父母死于哥斯拉之手，二十年來復仇執念驅動他成為「重返地球派」核心。面對飛船生存環境惡化，人類啟動危險的長距離亞空間航行返回地球計劃。經過2萬年演化，地球已形成以哥斯拉為頂端的完整生態體系——其背鰭散發放射性結晶，與地殼運動形成共生系統。重返者們發現人類武器對適應新生態的哥斯拉幾乎無效，而破壞結晶可能引發全球地質崩壞。最終晴雄在戰友協助下直面宿命，以犧牲為代價達成與新生態系統的某種平衡。