清廷視少林寺為心腹大患，利用安插的內奸火燒寺院，調遣高手展開血腥圍剿。少林僧眾與俗家弟子倉促迎戰，傷亡慘重，僅少數幸存者突圍而出。方大洪（孟飛）南逃廣東與李式開（戚冠軍）匯合，共謀反清復明大計；胡德帝（姜大衛）、蔡德忠（狄龍）、馬超興（傅聲）則北上中原，誓要揪出導致滅寺的內奸并復仇雪恨。五人在歷經生死考驗后，曾對少林武學產生動搖，最終領悟亡寺之劫實因自身武功未臻化境，遂閉關苦修突破武學瓶頸。待重出江湖時，五人以超凡身手殲滅清廷勢力，其事跡被后世尊為“少林五祖”，開創洪門武林新格局。