高中生偵探工藤新一與青梅竹馬毛利蘭在多羅碧加樂園約會時遭遇云霄飛車殺人事件，新一揭露案件真相后目睹黑衣組織交易場景，被灌下代號APTX4869的毒藥導致身體縮小。本作由原作者青山剛昌親自監修，作為TV動畫20周年紀念特別篇，在原有第一話框架下補充了角色心理活動與細節伏筆，首次完整呈現灰原哀作為藥物研發者的關鍵身份，并展現尚未組建的少年偵探團、阿笠博士與柯南初期關系。通過解明新一與小蘭前往樂園的動機等設定，系統梳理黑衣組織陰謀與主角團關聯。變小后的工藤新一正式確立江戶川柯南的身份偽裝，開啟隱藏于毛利偵探事務所的雙面人生，并由此鋪陳貫穿800多話的核心敘事脈絡。