1997年，聯合國選出的“十大未來領袖”接連遇害，科學家靳鐵生博士（劉德華飾）成為關鍵目標。全港通訊系統突發故障，人體自燃等超自然事件頻發，警方介入保護，但靳鐵生仍深陷對亡女友Adele（李嘉欣飾）的悲痛中，拒絕英國MI6保護，堅持要求小學同學CID焦大鵬（黃秋生飾）貼身守護。調查中，嫌疑對象接連排除，神秘事件持續升級：已故Adele突然現身寄送密函，指向MI6嚴密保護的神秘人物地址；警方入侵日本網絡系統發現案件關聯者癡迷研究各宗教末日預言。當Adele再度出現并留下前往布拉格的機票，靳鐵生與焦大鵬循跡追查，在捷克首都揭開真相：Adele實為未來時空特工，受命阻止靳鐵生研發導致人類毀滅的科技。最終時刻，靳鐵生選擇自我犧牲以修正時間線，在焦大鵬見證下化為光焰消逝，終結了末日危機。