1997年,聯合國選出的“十大未來領袖”接連遇害,科學家靳鐵生博士(劉德華飾)成為關鍵目標。全港通訊系統突發故障,人體自燃等超自然事件頻發,警方介入保護,但靳鐵生仍深陷對亡女友Adele(李嘉欣飾)的悲痛中,拒絕英國MI6保護,堅持要求小學同學CID焦大鵬(黃秋生飾)貼身守護。調查中,嫌疑對象接連排除,神秘事件持續升級:已故Adele突然現身寄送密函,指向MI6嚴密保護的神秘人物地址;警方入侵日本網絡系統發現案件關聯者癡迷研究各宗教末日預言。當Adele再度出現并留下前往布拉格的機票,靳鐵生與焦大鵬循跡追查,在捷克首都揭開真相:Adele實為未來時空特工,受命阻止靳鐵生研發導致人類毀滅的科技。最終時刻,靳鐵生選擇自我犧牲以修正時間線,在焦大鵬見證下化為光焰消逝,終結了末日危機。