《超能少年第五季》作為系列最終季，故事發生在風暴襲擊Wertham小鎮一年后的重建時期。經歷超自然災難的社區表面恢復正常，但殘留的能量波動持續引發未知變數。曾因雷暴獲得超能力的少年們發現自身力量產生不可預測的異變，部分成員的能力甚至出現反噬現象。隨著新型能量體在鎮內頻繁出沒，眾人被迫與曾對抗的超自然勢力暫且聯手。風暴核心區域形成的能量裂隙持續擴大，威脅范圍逐漸突破小鎮邊界。角色們在阻止災變升級過程中，必須直面各自因能力失控導致的創傷記憶，并揭露能量異常與人類欲望之間的深層關聯。政府秘密研究機構介入事件調查，其真實意圖卻始終籠罩在迷霧之中。