在和平都市的表層之下，秘密組織"DA（DirectAttack）"以非致命手段防范犯罪。隸屬于該機構的少女特工被稱為"LYCORIS"，她們通過偽裝成普通咖啡店員工執行任務。擁有歷代最強稱號的錦木千束與精英特工井之上瀧奈，在名為"LycoReco"的咖啡廳支部搭檔工作。這家看似普通的店鋪承接從餐飲服務到私人委托等各類訂單，千束的樂天主義與瀧奈的效率至上原則形成鮮明對比。兩人在處理照顧兒童、外語教學等日常委托時，既要維持特工身份的秘密性，又要應對突發危機。隨著組織內部矛盾的浮現與外部勢力的介入，這對性格迥異的搭檔逐漸卷入涉及LYCORIS制度存廢的核心沖突，在維護表面和平的同時展開暗流涌動的行動。
