久居草藥寨的板藍根精怪小藍（林小宅飾）意外救下竟能突破草藥寨結界的醫官阿九（潘毅鴻飾），卻不知阿九除了是備受敬仰的"九神醫"，更身負上清司統領玖冥的隱秘身份——專責緝捕草藥精怪。二人因意外締結同死同傷的靈配契約被迫共同行動，由此展開醫術與妖力交織的追捕周旋。隨著草藥寨千年隱秘逐漸浮出水面，小藍體內潛藏的遠古藥靈之力與阿九前世作為守寨人后裔的身份產生宿命關聯。主線貫穿兩人在執行上清司任務與守護寨民安危的矛盾中掙扎，最終揭曉九重結界真相：小藍前世為守護蒼生自愿封印神力墮入輪回，而阿九則背負著跨越兩世的守護誓言。其他角色扈帷、張馨月等分別以藥靈族后裔、江湖游醫等身份推動關鍵情節，共同揭開跨越三界的醫藥謎題。