鈴可是一名時空巡邏員，某日發現戰國時代即將發生混亂后決定穿越至該時期維護秩序。穿越過程中遭到神秘敵人襲擊的她意外跌落現代，附身于野原新之助家的寵物狗小白體內。借小白之口向美伢和廣志說明時空危機后，小新一家三口攜帶鈴可穿越至十六世紀的戰國時代。等待他們的不僅是體驗武士生活的趣味，更是暗藏殺機的險境——以云黑齋為首的戰國大名企圖利用時空裂縫篡改歷史，其麾下的忍者軍團持續追殺鈴可等人。為阻止黑暗勢力重塑時代格局，小新一家與戰國俠客聯手展開激戰，最終在修復時空裂縫后平安返回現代。