類似青蛙的外星人來到地球，引發各種騷動。自稱Keroro軍曹的綠色青蛙與其部下組成特殊部隊，偽裝成普通生物潛入地球執行侵略任務。行動中意外被人類少女夏美收養，被迫寄居在日向家閣樓。原定的征服計劃因成員各自融入地球生活而屢次失敗：參謀Dororo沉迷天文觀測，武力擔當Giroro與同學建立友情，雙胞胎Tamama和Kururu則沉迷游戲與發明。隨著與人類接觸加深，軍曹逐漸放棄征服野心，在夏美幫助下以地球居民身份繼續生活。最終這支未完成使命的外星部隊選擇定居地球，日常鬧劇在人類與異星生命的特殊共處中持續上演。