熊貓星球百年慶典期間，鼠司令突襲將全體熊貓變為小丑。太空熊貓（易小寅飾）與伙伴們逃至地下秘密基地，發現需尋找傳說中的神器方能恢復族群。鼠司令為奪取神器派出精銳部隊，并設下重重陷阱阻撓。太空熊貓與敖磊、左昕祺等同伴穿越危險區域，在李溯意外觸發的古代機關中獲得關鍵線索。雷鬼與張馨予識破鼠軍內部陰謀，為隊伍爭取寶貴時間。雙方在懸浮神殿展開決戰，神器啟動需熊貓族群集體意念共鳴的設定被揭曉。在倒計時內，眾人用慶典燈籠組成能量矩陣喚醒沉睡的熊貓意識，最終以集體精神力激活神器。失控的能量風暴摧毀鼠司令機械戰甲核心，其臨終懺悔揭示入侵源于被篡改的歷史記憶。熊貓族群恢復原貌后重建家園，太空熊貓將神器封存至新的隱秘維度。