《十二猴子第三季》以三天密集播出十集的方式呈現，首日四集后續各三集。作為最終季的前序，故事延續時空穿梭主線：科爾為阻止末日病毒“泰坦”穿越至2163年尋找關鍵線索，而被俘的雷利被迫在道德困境中抉擇。時間旅行團隊“守護者”現身一戰后法國阻撓科爾與瓊斯尋找珍妮弗·戈恩斯，雷姆斯押送宿敵回基地引發信任危機。雙線任務延伸至2007年刺殺“見證者”的陷阱行動、1989年宗教文件盜竊案，以及1953年十二猴子軍團誕生之謎。科克·勞埃德客串反派先驅。隨著時空穿梭密度升級，科爾與雷利在維多利亞時代倫敦追捕見證者，最終揭露其真實身份。各條線索匯聚于終章，泰坦威脅逼近臨界點，盟友被迫對抗，“見證者”命運抉擇與人類存亡緊密交織。