尼奧（基努·里維斯飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯飾）重回矩陣：在這里，一個是矩陣創造出來、周而復始的日常世界，另一個則是隱藏其后的真實人類世界。為了弄清楚自己所處的“現實”究竟是真是假，尼奧不得不再次做出選擇。面對程序化循環重啟的困境，他逐漸發現矩陣核心與人類反抗軍之間更復雜的關聯，并意識到崔妮蒂的存在可能是破解系統的關鍵。兩人在虛實交織的追捕中穿梭于數字都市與機器深淵，既要對抗升級版特工史密斯的圍剿，又需解開記憶殘留體制造的認知迷霧。最終尼奧在舊日盟友墨菲斯（葉海亞·阿卜杜勒-邁丁飾）與先知化身程序的指引下，以自我犧牲為代價打破矩陣循環機制，使人類與數字生命體達成脆弱平衡——崔妮蒂則帶著新生代反抗者駕駛飛船穿透數據云層，見證真實世界的黎明。