20世紀(jì)末，一種被稱為“B細(xì)胞”的物質(zhì)被發(fā)現(xiàn)存在于生物體內(nèi)，這種物質(zhì)會直接侵入生物的DNA內(nèi)部，使其產(chǎn)生異變。科學(xué)家們對這種奇妙的物質(zhì)產(chǎn)生了極大的興趣，為此進(jìn)行了多次動物實驗，并秘密地準(zhǔn)備將B細(xì)胞用在人體上。高中生海堂佑司在不知不覺中成為了犧牲品，也因B細(xì)胞的活性化而被診為不治之癥，進(jìn)入了精心安排下的冷凍睡眠。在這段時間內(nèi)，由于動物體內(nèi)的B細(xì)胞無法通過冷凍來抑制，使其發(fā)生了突變增殖引發(fā)了物種變化，兔子和小狗成為了巨大的蟲狀怪物BLUE。它們在很短的時間內(nèi)交配繁殖，并將人類當(dāng)作了自己的食物。整個世界很快就被數(shù)量龐大的BLUE所占據(jù)，只有1千萬左右被選出的人逃到了太空殖民地“第二地球”里，而剩下的人類卻只能留在地面上被BLUE所蹂躪。若干年后，海堂佑司因冷凍裝置故障意外蘇醒，在反抗組織“草薙”幫助下得知真相，發(fā)現(xiàn)自身B細(xì)胞已與肉體共生并獲得特殊能力。為阻止BLUE的進(jìn)一步擴散和揭開人體實驗陰謀，他與草薙隊長及同伴們展開行動。最終決戰(zhàn)中，人類通過自我犧牲式的基因重組技術(shù)終止了B細(xì)胞的失控傳播，但這場由野心引發(fā)的災(zāi)難徹底改變了地球生態(tài)格局。不是天災(zāi)，不是蟲孽，只是人禍而已……