悲傷的愛德華和阿爾馮斯兩兄弟試圖利用煉金術(shù)中最大的禁忌——人體煉成術(shù)救活母親，卻遭遇災(zāi)難。阿爾馮斯失去身體后靈魂被封禁在鎧甲中，愛德華則以右臂和左腳為代價(jià)阻止弟弟踏入冥國門。多年后，愛德華（山田涼介飾）成為國家最年輕的鋼之煉金術(shù)師，與弟弟（水石亞飛夢(mèng)配音）共同踏上尋找賢者之石的旅程。與此同時(shí)，神秘人造人拉絲特（松雪泰子飾）、恩維（本鄉(xiāng)奏多飾）在各地策劃陰謀，令國家籠罩陰影。兄弟二人通過賢者之石與人造人展開對(duì)抗，在揭露真相的過程中，愛德華最終以犧牲右臂為代價(jià)幫助阿爾馮斯取回原本的身體。影片根據(jù)荒川弘原作漫畫改編，呈現(xiàn)煉金術(shù)世界中關(guān)于等價(jià)交換與救贖的核心命題。