約翰·道吉特探員不顧聯邦調查局內部阻力，堅持獨立調查一宗環保署職員離奇死亡案件。隨著尸檢發現死者體內存在異常生物組織，道吉特逐漸察覺事件與軍方秘密外星人實驗項目存在關聯。與此同時，黛娜·斯卡利繼續追蹤福克斯·穆德失蹤案線索，并在解密文件中發現涉及外星病毒與政府高層掩蓋計劃的證據。調查過程中，道吉特與斯卡利被迫面對穆德被證實死亡的重大打擊，這一事件促使兩人最終聯手揭露由"超級士兵"計劃引發的全球性外星人滲透危機。全季通過獨立案件與主線陰謀交織推進，展現了聯邦調查局特殊部門在真相追尋過程中遭遇的體制性阻力與超自然威脅。