約翰·道吉特探員不顧聯(lián)邦調(diào)查局內(nèi)部阻力，堅(jiān)持獨(dú)立調(diào)查一宗環(huán)保署職員離奇死亡案件。隨著尸檢發(fā)現(xiàn)死者體內(nèi)存在異常生物組織，道吉特逐漸察覺事件與軍方秘密外星人實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目存在關(guān)聯(lián)。與此同時，黛娜·斯卡利繼續(xù)追蹤福克斯·穆德失蹤案線索，并在解密文件中發(fā)現(xiàn)涉及外星病毒與政府高層掩蓋計(jì)劃的證據(jù)。調(diào)查過程中，道吉特與斯卡利被迫面對穆德被證實(shí)死亡的重大打擊，這一事件促使兩人最終聯(lián)手揭露由"超級士兵"計(jì)劃引發(fā)的全球性外星人滲透危機(jī)。全季通過獨(dú)立案件與主線陰謀交織推進(jìn)，展現(xiàn)了聯(lián)邦調(diào)查局特殊部門在真相追尋過程中遭遇的體制性阻力與超自然威脅。