機(jī)械化帝國是一個不重視生命的機(jī)械帝國，首領(lǐng)是機(jī)械神，以攻占星球并把其機(jī)械化為已任。而除了地球，包括月球在內(nèi)，整個太陽系已被機(jī)械化了。峰崎拳一，立花浩美和朝岡忍子春風(fēng)校園六年級生。就在他們回校參加開業(yè)禮時，機(jī)械化帝國的第一機(jī)械王齒車王開始攻擊地球。就在峰崎拳一等人快要受襲，守衛(wèi)地球的艾度蘭打開一個時空裂縫，三人回到六千四百萬年前的世界。這時光之人艾度蘭已經(jīng)差不多耗盡所有能量，于是他把三只恐龍型機(jī)械交給他們。這次保護(hù)地球?qū)箼C(jī)械化帝國的重任，就落在春風(fēng)校園六年二組身上了。由于齒車王多次失敗，失去機(jī)械神的信任，最后一戰(zhàn)更被新機(jī)械王電氣王所殺。電氣王乘坐機(jī)械神所給予的黑色戰(zhàn)神對抗哥修羅，強(qiáng)調(diào)力量的他，經(jīng)常利用軍事武器變成機(jī)械獸，在某次戰(zhàn)役受重傷，與黑色戰(zhàn)神同化，但最后也戰(zhàn)死。機(jī)械神派出的第三個機(jī)械王引擎王，矢志以尋找最強(qiáng)力量為己任。但最后一刻，因企圖反叛機(jī)械神而連累自己的機(jī)械兒子喬他寶。亦因擋著自爆的機(jī)械城被哥修羅刺穿身體而壯烈犧牲。由于機(jī)械城大爆炸，引出時空洞穴，令時序大變，地球變成機(jī)械化，所以眾人回到過去。原來當(dāng)初機(jī)械化帝國第一個派去地球的原子王在艾度蘭的攻擊下節(jié)節(jié)敗退，在將被消滅的時候拾得喬他寶的頭(被卷入時空洞)。因喬他寶的頭收藏了哥修羅的大量資料，故原子王依照這些資料制造一部黑暗哥修羅，使艾度蘭反勝為敗。最后眾人消滅原子王，使時序回復(fù)正常，同時他們也見證恐龍滅亡的定律。機(jī)械神由于連續(xù)失去多個機(jī)械王，故以大量能量，使四大機(jī)械王復(fù)活，并給予他們無限能量，可以自由巨大化，被擊敗也可復(fù)活，也可以自由合體。但在他們多次失敗之后，機(jī)械神把他們殺死，并親自到達(dá)地球與哥修羅作最后決戰(zhàn)。學(xué)生們發(fā)明了反機(jī)械化裝置，以哥修羅的能量把地球以及各被機(jī)械化的星球回復(fù)正常，使情勢逆轉(zhuǎn)，最后更一舉消滅機(jī)械神，令機(jī)械化帝國被消滅。