被稱為木星蜥蜴的神秘敵人第一次襲擊地球是在2195年，面對擁有壓倒性力量的敵人，地球軍束手無策，火星連同殖民地一起落入敵人手中。這就是"第一次火星會戰(zhàn)"。一年之后，為了奪回火星，民間組織尼魯加路重工以最新科技建造新型戰(zhàn)艦NADESICO號，召集的船員包括年輕的女艦長御統(tǒng)由利加及其青梅竹馬、兼具廚師與機(jī)師身份的天河名人等。盡管船員們各有所長，但性格和背景均存在明顯缺陷。 在戰(zhàn)斗白熱化之際，真相被揭露：敵人實(shí)為100年前被放逐至木星的地球人后代，他們意圖奪取火星遺跡中蘊(yùn)含的玻色子跳躍技術(shù)以實(shí)現(xiàn)星際航行。與木連（木星聯(lián)邦）的和談最終破裂，圍繞火星遺跡的爭奪演變?yōu)镹ADESICO號、木連與尼魯加路三方混戰(zhàn)。經(jīng)歷激烈沖突后，地球與木連接受共同利益基礎(chǔ)達(dá)成聯(lián)盟，最終結(jié)束長期對抗實(shí)現(xiàn)宇宙和平。該結(jié)局標(biāo)志著TV版主線劇情的終結(jié)。