被稱為木星蜥蜴的神秘敵人第一次襲擊地球是在2195年，面對擁有壓倒性力量的敵人，地球軍束手無策，火星連同殖民地一起落入敵人手中。這就是"第一次火星會戰"。一年之后，為了奪回火星，民間組織尼魯加路重工以最新科技建造新型戰艦NADESICO號，召集的船員包括年輕的女艦長御統由利加及其青梅竹馬、兼具廚師與機師身份的天河名人等。盡管船員們各有所長，但性格和背景均存在明顯缺陷。 在戰斗白熱化之際，真相被揭露：敵人實為100年前被放逐至木星的地球人后代，他們意圖奪取火星遺跡中蘊含的玻色子跳躍技術以實現星際航行。與木連（木星聯邦）的和談最終破裂，圍繞火星遺跡的爭奪演變為NADESICO號、木連與尼魯加路三方混戰。經歷激烈沖突后，地球與木連接受共同利益基礎達成聯盟，最終結束長期對抗實現宇宙和平。該結局標志著TV版主線劇情的終結。