U.C.0097時期，“拉普拉斯事變”紛爭終結后，兩架獨角獸高達被秘密封存于工業7號殖民衛星，新吉翁殘黨“袖章”隨之瓦解。當人類社會逐漸走出戰爭陰影之際，失蹤兩年的獨角獸高達三號機“鳳凰”意外現身小行星博納佩托，并因NT-D系統覺醒引發空間震蕩。其搭載的“拉普拉斯程序”密鑰身份迅速成為地球聯邦軍、重組后的吉翁袖章殘黨及神秘組織路歐商會三方爭奪焦點。聯邦軍以特林頓基地為指揮中樞展開殲滅行動，袖章殘黨企圖借助高達力量重啟獨立戰爭，而路歐商會則暗中推動“UC計劃”以獲取未知目的。隨三方勢力在宇宙戰場的持續碰撞，被封印的機體與NT能力者之間的羈絆逐漸浮出水面。