本作承接《奧特銀河格斗2：巨大陰謀》，講述奧特英雄們與阿布索留特人之間驚動銀河的命運之戰(zhàn)。在奧特之塔被毀、光之國陷入存亡危機之際，阿布索留特人展開對M78星云的全面入侵。新生代奧特戰(zhàn)士雷古洛思與阿布索留特戰(zhàn)士迪亞波羅相繼登場，雙方圍繞宇宙能量核心展開激烈對抗。為阻止阿布索留特人征服全銀河的野心，賽羅、捷德等奧特戰(zhàn)士與雷古洛思組成聯(lián)軍，在迪亞波羅引發(fā)的次元裂隙危機中展開決戰(zhàn)。最終雷古洛思以新世代之光擊潰迪亞波羅，奧特戰(zhàn)士們通過量子屏障重組防御體系，暫時遏制了阿布索留特人的進攻勢頭。