在前一季結尾，杰克（基弗·薩瑟蘭飾）為躲避仇殺設計假死隱居。第五季開場，前總統大衛·鮑爾默、CTU同事米歇爾與托尼相繼遇害，唯一知情者克洛伊（瑪麗·萊恩·萊杰斯庫飾）遭死亡威脅后聯絡杰克。兩人會面時遭遇刺客襲擊，杰克制服殺手后獲知刺殺總統的真正目的是掩蓋其即將揭露哈薩克斯坦政府參與恐怖襲擊的陰謀，而連續滅口行動旨在嫁禍杰克轉移調查方向。為阻止更大規模的恐怖威脅，杰克被迫重返危機核心，在揭露前國家安全顧問查爾斯·洛根與哈薩克斯坦官員合謀的同時，發現總統遇刺真相涉及國際政治交易。最終杰克成功挫敗針對新任總統的連環暗殺計劃，但關鍵證人洛根在國會聽證會現場被滅口，為整季陰謀畫下血色句點。