誰也不曾想過，七十年前那期神秘的羅斯威爾事件，時(shí)至今日仍對(duì)全體人類產(chǎn)生著如此巨大的影響。并且鮮少有人窺見真相的全貌，即使它就在那里。某天，過著頹廢生活的前聯(lián)邦探員福克斯·穆德（大衛(wèi)·杜楚尼 David Duchovny飾）以及他最為信賴的搭檔——正在某某教會(huì)醫(yī)院擔(dān)任醫(yī)師的丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson飾）重新聚在一起。原來一檔旨在揭露政治黑幕節(jié)目的主持人Tad O'Malley（喬爾·麥克哈爾 Joel McHale飾）找到他們，希望二人披露政客利用外星人來控制人類的真相。以此為契機(jī)，關(guān)閉已久的X檔案重新開啟。一度對(duì)各種離奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。兩人在調(diào)查新型超自然現(xiàn)象的過程中，發(fā)現(xiàn)隱藏更深的政府陰謀網(wǎng)絡(luò)，并逐步揭露外星生物與人類高層勢(shì)力之間的復(fù)雜關(guān)聯(lián)。隨著真相輪廓逐漸清晰，他們不僅要面對(duì)外部勢(shì)力的阻撓，更需直面科學(xué)與信仰之間愈發(fā)尖銳的矛盾沖突。