1987年9月日本某地突發離奇事件后，火島博士與與那嶺博士在雙神島建立研究所，啟動地球制彈劾凰機械人開發計劃。經過多年研究完成"素體"原型機時，兩位核心開發者因理念分歧爆發激烈沖突：火島主張以生產效率優先的無人駕駛方案，與那嶺則堅持安全性更高的有人駕駛模式。火島提案最終被否決并遭驅逐出研究所。其后試制機體實驗中，失控的機械人引發致命爆炸事故，不僅導致駕駛員喪生更造成研究員重大傷亡。瀕臨終止的開發計劃在與那嶺主導下通過秘密籌資重建基地重啟，研究團隊開始著手新一代彈劾凰機械人的研制工作。