穆德被外星反叛者劫持后，斯科莉發現自己意外懷孕。FBI內部展開調查時發現穆德的銀行卡和密碼在失蹤后仍被使用，甚至出現了刻有他姓名與生卒日期的墓碑。斯科莉請求Skinner協助尋找搭檔，孤槍俠團隊也參與其中，但FBI高層另派約翰·多格特探員介入調查。多格特懷疑穆德偽造失蹤以盜取機密文件，與斯科莉產生激烈沖突。隨著調查深入，FBI發現穆德的失蹤與外星人疫苗計劃存在關聯，斯科莉懷孕更涉及秘密人體實驗。多格特的真實身份被揭露為FBI高層安插的監督者，其調查方向始終受制于掩蓋真相的力量。各方勢力在追查穆德下落的過程中，逐步觸及外星人殖民計劃的核心機密。