穆德被外星反叛者劫持后，斯科莉發(fā)現(xiàn)自己意外懷孕。FBI內(nèi)部展開調(diào)查時發(fā)現(xiàn)穆德的銀行卡和密碼在失蹤后仍被使用，甚至出現(xiàn)了刻有他姓名與生卒日期的墓碑。斯科莉請求Skinner協(xié)助尋找搭檔，孤槍俠團隊也參與其中，但FBI高層另派約翰·多格特探員介入調(diào)查。多格特懷疑穆德偽造失蹤以盜取機密文件，與斯科莉產(chǎn)生激烈沖突。隨著調(diào)查深入，F(xiàn)BI發(fā)現(xiàn)穆德的失蹤與外星人疫苗計劃存在關(guān)聯(lián)，斯科莉懷孕更涉及秘密人體實驗。多格特的真實身份被揭露為FBI高層安插的監(jiān)督者，其調(diào)查方向始終受制于掩蓋真相的力量。各方勢力在追查穆德下落的過程中，逐步觸及外星人殖民計劃的核心機密。