在第一季結尾中，Jaha自愿留在太空中換取方舟部分人成功降落地球后，百子們在引爆駐地擊敗地表人的行動中取得短暫勝利，卻隨即被強制關押于氣象山隔離區。Bellamy與Finn在與地表人的混戰中生死未卜，引發幸存者群體間的信任危機。第二季圍繞氣象山內核輻射威脅、方舟人與地表人的對峙展開，各方勢力在資源爭奪中被迫直面地球輻射水平的真實數據。隨著方舟高層派出的救援隊抵達，新舊勢力沖突升級為武裝對抗，同時地下避難所內部爆發致命疫情。Clarke在多方博弈中逐步確立領導地位，最終促成氣象山與方舟幸存者的聯合撤離，但人類重返地面的希望被證實建立在對原住民地表人的系統性欺騙之上。