TNT于2015年6月21日在有線電視網正式推出《末日孤艦》第二季，該季度共制作13集，相較第一季增加三集。劇情延續全球性致命病毒爆發后的故事主線，美國海軍驅逐艦"內森·詹姆斯號"的船員們在尋找人類文明存續方案的過程中，持續面臨新出現的政治勢力博弈、科學探索困境以及艦內人員矛盾激化的多重挑戰。隨著幸存者據點的陸續發現和病毒變異跡象的出現，以艦長湯姆·坎農與流行病學家蕾娜·格林為核心的團隊，在執行高風險任務的同時，必須應對國際多方勢力對關鍵科研資源的爭奪。本季通過增加集數拓展了海上與陸地雙線敘事結構，深入刻畫末日環境下人類社會重構的復雜性。