2012年2月，東京鐵塔上空出現(xiàn)了巨大的數(shù)碼蛋。本宮大輔（20歲）與V仔獸在修行拉面技藝時(shí)，偶遇手持裂紋數(shù)碼器、自稱(chēng)“殺死初代搭檔數(shù)碼獸”的神秘青年。該青年聲稱(chēng)自己是世界上首位與數(shù)碼獸建立羈絆的人類(lèi)，卻因過(guò)往的失敗陷入自我放逐。隨著數(shù)碼蛋破裂，被封印的古代黑暗勢(shì)力開(kāi)始侵蝕現(xiàn)實(shí)世界，大輔與青年被迫聯(lián)手對(duì)抗威脅。在戰(zhàn)斗中，V仔獸通過(guò)新形態(tài)進(jìn)化突破困境，而青年逐漸揭露其真實(shí)身份——初代被選召者八神太一。面對(duì)因數(shù)碼器失控導(dǎo)致搭檔獸消亡的過(guò)往，太一在大輔的堅(jiān)持下重拾信念。最終，兩人借助數(shù)碼器共鳴修復(fù)數(shù)據(jù)裂縫，以雙重進(jìn)化之力凈化墮落數(shù)碼獸，阻止了現(xiàn)實(shí)與數(shù)碼世界的崩壞。