大門大意外遭遇亞古獸并成為伙伴后,因數碼特搜部隊(DATS)堅持驅逐未受管制的數碼獸而陷入矛盾。湯島以"參與DATS即可對抗數碼世界強敵"為由說服大門大加入,并與淑乃、托瑪組成行動小組。隨著日本境內數碼危機頻發,托瑪發現其根源與人類七宗罪存在關聯。在比丘獸事件中揭露的幕后黑手墨丘利獸,暴露出對人類敵視的態度。為阻止危機,三人組穿越至數碼世界遇見自稱數碼獸的人類男孩郁人,其對人類的怨恨源于身份認同創傷。與湯島匯合后,眾人直面墨丘利獸關于"人類破壞數碼世界秩序"的控訴,但湯島否認人類干預導致談判破裂?;靵y中湯島將眾人送回現實世界,獨自留在數碼領域。歸來的成員們通過接觸郁人父母促使其直面身份問題,但當眾人重返數碼世界時,發現墨丘利獸已被倉田殺害——這位曾與大門大父親、郁人父母及湯島共同探索數碼世界的舊識,最終選擇以極端手段維護秩序。故事收束于大門大作為唯一留守數碼世界的DATS成員,繼續守護兩個世界的平衡。