2002年,數(shù)碼世界面臨滅亡危機。由究極天使獸、基路比獸及神圣天女獸共同治理的數(shù)碼世界因基路比獸對人類絕望而叛變,導(dǎo)致三天使體系崩潰。古代十斗士遺留的斗士精神將力量傳遞至現(xiàn)實世界,選中少年神原拓也等六名被選召者攜帶魂進(jìn)入數(shù)碼世界。他們通過收集代表十斗士的火、風(fēng)等屬性魂實現(xiàn)人與數(shù)碼獸融合進(jìn)化,逐步對抗基路比獸派出的墮天使軍團(tuán)。在持續(xù)戰(zhàn)斗中,拓也等人發(fā)現(xiàn)基路比獸制造混亂實為凈化數(shù)碼世界的人類污染痕跡。最終六人集齊所有斗士精神完成古代魂進(jìn)化,于數(shù)碼世界的源初之地?fù)魯櫶焓剐螒B(tài)的基路比獸。隨著危機解除,被選召者返回現(xiàn)實世界,數(shù)碼世界重新建立由三大天使殘存力量維持的新平衡體系。