近未來(lái)的日本疏瀨市中，醫(yī)療機(jī)械廠外形酷似熨斗的建筑每日噴發(fā)蒸汽。小學(xué)六年級(jí)生直太與高中生真見(jiàn)美（其留學(xué)哥哥的女友）在河畔消磨時(shí)光時(shí)，被自稱"蜜蜂女"的睛子駕駛電車撞傷。事故導(dǎo)致直太頭部生出神秘犄角，而擁有相同特征的睛子強(qiáng)行住進(jìn)直太家中擔(dān)任傭人。醫(yī)療廠實(shí)為外星生命體阿通達(dá)的孵化基地，睛子作為特殊個(gè)體負(fù)責(zé)對(duì)抗入侵。隨著"FLCL"（阿通達(dá)母星語(yǔ)言中象征生命循環(huán)的密碼）真相逐漸揭露，直太通過(guò)犄角釋放體內(nèi)能量摧毀孵化裝置。醫(yī)療廠爆炸后城市恢復(fù)平靜，真見(jiàn)美繼承工廠遺產(chǎn)并繼續(xù)與直太互動(dòng)，而少年頭上的角雖已消失，卻保留著對(duì)這段超現(xiàn)實(shí)經(jīng)歷的完整記憶。