影片根據同名游戲改編，“代號47”（魯伯特·弗蘭德飾）是神秘殺手組織的頭號殺手，他性格冷靜，智慧過人，行動神秘低調，從來沒人知道他的底細，只靠頸后位置的一個紋身條碼辨認身份。“代號47”既是罪惡的化身，又是善意的使徒。他從不過問犯罪的真理及意義，直到碰上一名驚為天人的神秘女子卡蒂婭（漢娜·韋爾飾），改寫了他的命運。隨著兩人共同揭露殺手組織通過克隆技術操控雇傭兵的陰謀，代號47發現自己正是基因實驗產物，并面臨組織首領（塞倫·希德飾）的全面追殺。在對抗過程中，卡蒂婭被揭露實為組織派來引誘其暴露的特工，但兩人最終聯手摧毀實驗基地并擊斃首領。影片以代號47主動抹除條碼標志、選擇自我放逐作為結局，其善惡身份的悖論亦隨組織覆滅而消解。